Cơ chế chính của chứng đau bụng kinh nguyên phát là do sự gia tăng prostaglandin được tiết ra từ nội mạc tử cung sau khi rụng trứng, dẫn đến co thắt mạnh các cơ tử cung và giảm lưu lượng máu tạm thời trong quá trình này. Mặt khác, chứng đau bụng kinh thứ phát xảy ra khi kèm theo các nguyên nhân thực thể như lạc nội mạc tử cung, u xơ tử cung hoặc viêm vùng chậu. Vì phương pháp điều trị cho hai trường hợp này khác nhau, nên việc phân biệt chúng dựa trên kiểu đau và các xét nghiệm là rất quan trọng. Tại các phòng khám y học cổ truyền Hàn Quốc, nguyên nhân cơ bản của đau bụng kinh được xem là do lạnh ở vùng bụng dưới và ứ huyết. Người ta hiểu rằng khi tử cung bị lạnh, tuần hoàn máu chậm lại, gây tích tụ cục máu đông; những vùng bị tắc nghẽn này bị chèn ép mỗi tháng, biểu hiện thành đau. Trọng tâm không chỉ là thời điểm xuất hiện triệu chứng, mà còn là làm ấm môi trường tử cung, nơi dễ bị đau.